Стеблевая нематода — это очень мелкие нитевидные беловатые червячки, почти невидимые. Они проникают в глубь молодых растений, которые желтеют и погибают, а луковица растрескивается, как бы выворачивается, донце лука и чеснока разрушается. Поврежденные луковицы при хранении становятся мягкими и загнивают, а маленькие луковички севка высыхают. Листья (перо) деформируются, сморщиваются, на них появляются желтоватые прожилки. При повреждении нематодой урожай резко снижается или полностью погибает. 
Меры борьбы: посадка лука и чеснока на прежнее место разрешается только через 3—4 года. Грядку необходимо известковать осенью или за месяц до посадки из расчета 2 стакана извести-пушонки, мела или доломитовой муки на 1 м2. 
Перед посадкой чеснока и лука почву поливают из расчета 3 л на 1 м2 раствором поваренной соли (3 столовые ложки на 10 л воды). Чеснок и лук перед посадкой как весной, так и осенью обрабатывают следующим раствором: в 5 л воды разводят 3 столовые ложки поваренной соли — и погружают луковицы на 15—20 минут. 

Затем, не промывая, луковицы высаживают. В начале июня яровой и озимый чеснок и лук на репку нужно подкормить сульфатом аммония (2 столовые ложки сульфата аммония на 10 л воды) из расчета 4—5 л на 1 м2. Лук и чеснок, высаженные весной, дополнительно подкармливают этим же раствором через 10 дней после всходов. В результате лук и чеснок набирают силу и устойчивость к вредителям. 

Луковая муха - со второй половины мая начинается лет луковой мухи. Она откладывает яйца на почву или на сухие чешуйки лука. Через несколько дней из яичек выходят личинки и внедряются в луковицу, она загнивает, и растение увядает. 
Меры борьбы: ранние сроки посадки и посева лука. При появлении мухи почву посыпают отпугивающим веществом — 100 г древесной золы, столовая ложка табачной пыли и чайная ложка молотого перца на 1 м2. После опыливания почвы необходимо через каждые 4—5 дней проводить рыхление на глубину 2—3 см. 
Хороший эффект в борьбе с личинками дает полив табачным раствором: берут ведро, насыпают 200 г табачной пыли или махорки, заливают 2—3 л горячей воды и оставляют на 2— 3 суток. Затем доливают до 10 л водой, добавляют 1 столовую ложку жидкого мыла и 1 чайную ложку молотого черного или красного перца. Раствор процеживают и опрыскивают растения и почву. 

Шейковая гниль - грибное заболевание. Около шейки луковицы появляются серые вдавленные пятна, которые в дальнейшем при хранении распространяются на чешую и донце луковицы. Гриб сохраняется на луковицах, в почве и на растительных остатках до следующего года. 
Меры борьбы: лук и чеснок убирают в сухую, солнечную погоду и просушивают на воздухе при температуре 25—26 °С в течение 12 дней, потом 3 дня при температуре 30—35 °С. Луковицы обрабатывают мелом. 

Ложная мучнистая роса (пероноспороз) - грибное заболевание. Вначале на листьях лука появляются бледно-зеленые пятна, позднее они переходят в серовато-фиолетовый налет. Верхняя часть листьев (верхушки пера) желтеет и отмирает. Болезнь сильно развивается во влажную теплую погоду. Гриб перезимовывает в почве, на старых неубранных растениях и в луковицах при хранении. 
Меры борьбы: грядка для посадки лука должна иметь направление с севера на юг, чтобы она хорошо освещалась солнцем. Следите, чтобы посевы семян и посадка севка не были загущены и засорены сорняками. 
Перед посадкой севок необходимо прогреть при температуре 30—35 "С в течение 8—10 часов. Когда листья лука будут высотой 10—12 см, их необходимо опрыснуть раствором хлорокиси меди (1 столовая ложка хлорокиси меди и 1 столовая ложка жидкого мыла на 10 л воды). В случае обнаружения этой болезни необходимо исключить поливы и подкормки азотными удобрениями. Уборку надо стараться провести, когда листья еще зеленые, а луковицы уже оформились. Листья сразу обрезают и сжигают, а сами луковицы хорошо просушивают на солнце в течение 12-14 дней. 

Ржавчина лука и чеснока - грибное заболевание. Болезнь поражает листья: образуются светло-желтые, слегка выпуклые подушечки, позднее они становятся черными. Инфекция сохраняется на растительных остатках и на многолетних видах лука. 
Меры борьбы: соблюдение севооборота, а также прогревание посадочного материала перед закладкой на хранение. Лук-севок перед посадкой прогревают в течение 8—12 часов при температуре 40 °С. 
Для предупреждения распространения заболевания в период массового роста лука его необходимо опрыснуть раствором хлорокиси меди (на 10 л воды берут 1 столовую ложку хлорокиси меди и 1 столовую ложку жидкого мыла). Это опрыскивание проводят еще раз через неделю. 

Черная плесень - грибное заболевание, проявляющееся при хранении лука и чеснока при повышенной температуре. У пораженных луковиц высыхают верхние сочные чешуи, а севок и чеснок высыхают полностью. Этой болезнью прежде всего поражаются невызревшие и плохо просушенные лук и чеснок. 
Меры борьбы: хорошее просушивание лука и чеснока, а также их правильное хранение. В случае заболевания головок нужно дополнительно просушить их и попудрить мелом. 

Фузариоз - грибное заболевание. Вначале наблюдается размягчение донца, порозовение и отмирание корней, появление коричневатости на листьях, их постепенное отмирание и усыхание растения, а также луковиц. 
Меры борьбы: использование для посадки здорового материала и соблюдение севооборота, обработка почвы перед посадкой раствором медного купороса (на 10 л воды берут 1 столовую ложку). Уничтожение больных растений. 

Бактериальное заболевание чеснока поражает сочную ткань озимого чеснока, в результате чего на голых зубках появляются коричневые и бурые язвочки. Пораженные зубки слабо укореняются и плохо перезимовывают, а посадки чеснока получаются изреженными, урожайность понижается, концы листьев желтеют. 
Меры борьбы: протравливание зубков перед посадкой в растворе медного купороса и поваренной соли, а также тщательный отбор посадочного материала. Быстрая просушка головок сразу же после уборки — на солнце или тепловым способом под навесом.